Auf Widerruf wiedereingestellt, ging er nach Würzburg, von wo aus er im Jahre 1856 nach Berlin zurückgerufen wurde, um dort als Direktor des Pathologischen Instituts der königlichen Charité und als Professor an der Universität eine für die Wissenschaft und Menschheit segenbringende Wirkung zu entfalten. Es konnte von ihm gesagt werden, daß er das ganze Bild der Medizin vollkommen geändert hat. Besonders seine Zellforschung hat die Medizin auf eine völlig neue Grundlage gestellt.
Er war es, der das Mikroskop, nicht ohne schwere Kämpfe, in die Wissenschaft eingeführt hat. Die Aufzählung der von ihm veröffentlichten wissenschaftlichen Arbeiten füllt einen Band von 118 Seiten.
„Die Aufgabe der deutschen Zukunft wird gelöst, wenn wir den neuen deutschen Menschen geschaffen haben.“
Bernhard Rust