Goebel war eines der unzähligen Justizopfer, die der Freiheitskampf der Südtiroler gefordert hat. Er musste in jungen Jahren sechseinhalb Monate in einem Kölner Gefängnis in Untersuchungshaft zubringen. Der Verstorbene soll 1963 gemeinsam mit Heinrich Bünger und Peter Kienesberger in Südtirol und Norditalien Sprengstoffanschläge verübt haben. Denunziert wurde er von einem Westdeutschen namens Herbert Kühn, der 1964 in der DDR festgenommen und zu lebenslanger Haft unter der Beschuldigung verurteilt worden war, in der DDR Anschläge geplant und in Südtirol Anschläge begangen zu haben. Der Verhaftete hatte den DDR-Behörden gegenüber unter Folter gestanden, dass auch Klaus Goebel an Anschlägen in Südtirol beteiligt gewesen sei. Die erzwungene Aussage war der Ausgangspunkt für ein Gerichtsverfahren in Köln, welches 18 Jahre (!) dauern sollte.
Das Landgericht Köln verurteilte Goebel 1980 zu drei Jahren Freiheitsstrafe und seine Mitangeklagten Heinrich Bünger und Peter Kienesberger zu dreieinhalb Jahren Haft.
Der unschuldig Verurteilte erwirkte 1982 die Aufhebung der Schuldsprüche durch den Bundesgerichtshof in Karlsruhe wegen festgestellter Grundrechtsverstöße. Die Staatsanwaltschaft Bonn stellte später das Verfahren ein, weil dessen „Durchführung die Gefahr eines schweren Nachteils für die Bundesrepublik Deutschland herbeiführen“ würde.
Klaus Goebel wurde am Münchner Westfriedhof im Beisein einer Fahnenabordnung der Schützenkompanie Villanders zu Grabe getragen.
Mit ihm verliert der Deutsche Süden einen beharrlichen Streiter und verdienten Freund.
